Скорее всего, у вас просто они разных дисках. Обычно такое происходит, когда жесткие диски отформатированы в разных файловых системах (NFTS и FAT). В этом ничего страшного нет. Просто перенесите "синие" файлы в ту папку, где расположены черные стандартные. Может помочь.
| 
Древовидный вид