KDE или Gnome (в Альт Линукс Ковчег)
 

Думаю что использование gnome более предпочтителнее чем кде. Так как более прост в обращении и настройке. На сервере вообще в принципе не нужно иметь графическую оболочку. А на десктопе это кому что надо и нравится. В принципе желателечно иметь возможность и поставить и то и другое.