Бинарные патчи и JRE?
 

Неплохо бы вовремя выпускать бинарные патчи, особенно для версии jre. И надо указать пользователям, что обновленная java скачивается отдельно и переписывается в каталог Java после того, как процедура обновления уже произведена, но до того момента, как пользователь запустил инсталляцию продукта. И еще объяснить, что если инсталляция все таки запущена, то можно в процессе установки переписать новую java поверх старой.