Что это может значить?

Мне кажется, что вы ищете подвох там где его нет. У меня тоже есть такая привычка, практически всегда в конце разговора говорю: "Спасибо что позвонил/а". Для меня это значит, что я была рада услышать данного человека и мне приятно общение с ним.