Не факт, что из-за подгузника, но теоретически возможно. С ним было сухо и комфортно, даже тепло, если пописяет, а тут - мокро и холодно. Кому понравится?
А еще возможно зубы (зря Вы их не учитываете), они-то режуться очень долго. Могут беспокоить малыша по 2-3 месяца