пиелонефрит

Здравствуйте! Моему сыну 8 месяцев. В 6 месяцев был острый пиелонефрит, пропили аугментин ( 14 дней) + фуродонин по 3 р/д, зинакс (7 дней), продолжаем пить фурадонин по т. вечером и канефрон 3 р/д по 10 кап.. Посев мочи стерильная на 3-ой день приема АБ. Кровь и моча сейчас в пределах нормы. Почти с рождения у него был жидкий стул. После антибиотиков стул изменился ( стал не такой жидкий). Температура сейчас скачет с нормы до 37,4. Прорезался пятый зуб. Сдали кал на дисбактериоз, результат - золотистый стафилококк 10 в 3 степени ( чувствительность к офлексацину) и E. Coli со сниженной ферментной активностью - 73%. Ребенок полностью на ГВ. На коже есть высыпания. Как нам лечиться? От чего меняется так температура и может ли так влиять стафилокок? Мог ли стафилоккок вызвать пиелонефрит? Спасибо.