Не совсем понял вопрос, но постараюсь ответь хоть я и не совсем хорошо разбираюсь в фотошопе, на сколько я понял ты хочешь соединить все слои и сохранить в нужном тебе формате, лучше всего редактировать в простом, не сложном, функциональном графическом редакторе "Paint.NET"
| 
Древовидный вид