Мне кажется, что предмет, которым мы пишем, называется ручкой потому, что при письме мы держим его в руке. От этого и произошло такое название. То есть ручка является как - бы своеобразным продолжением руки пишущего человека. Я могу ошибаться, но мне кажется, что именно так и обстоят дела.